国民健康保険の給付は、年金保険のような長期にわたる給付に比べて給付期間が短いことから短期保険に分類されます。そのため、国民健康保険組合の財政は会計年度独立の原則に基づき、原則としてその年度の収入をもってその年度の支出をまかなうことになっています。
国民健康保険組合の収入の主なものは保険料です。その他に国や東京都からの補助金などがあります。
支出のうち最も多くを占めるのは医療費などの保険給付費です。この他に保健事業費や事務費、予備費などがあります。さらに高齢者のための後期高齢者支援金・前期高齢者納付金、介護保険制度を支援する介護給付費納付金が大きな割合を占めます。